تختص سكرتارية هيئات التحكيم بتلقي طلبات التحكيم المحالة إليها من الأمين العام وتلقي جميع الأوراق والمكاتبات والمستندات التي يقدمها أطراف النزاع طبقاً للائحة الإجراءات وما هو منصوص عليه في نظام المركز، وتتولى تدوين محاضر جلسات هيئة التحكيم، وتنفيذ قراراتها التي تصدر أثناء نظر الدعوى وقبل الفصل فيها.